公元2000年的南极大陆上，在SEELE机关的操纵下，使‘莉莉丝’和‘亚当’进行了强行的融合，产生了巨大的光之翼。

然而即将成功之时却出现了意料之外的‘光之巨人’，是得知融合实验开始而赶来的‘夏娃’；实验破灭，葛城小队近乎全部死难，除葛城美里一人勉强幸存了下来。

几年后，在冬月教授第一次到地下城市的秘密实验室时，指着建造中的零号机向碇元渡发问：“这就是从南极捡回来的巨人吗？”

碇远渡的回答则是：“不，这个是复制品。”

至此可知，零号机并不是光之巨人，其次，贰号机是德国支部生产的复制品，三、四号机是美国支部生产的复制品；就只剩能有自我意识、甚至暴走的初号机是光之巨人的真身了。

而所谓莉莉丝的分身，是由大爆炸而导致莉莉丝本体被炸碎的碎片所制作的九个巨大生命体――即由包括中国支部在内的九个国家在Seele的秘密指示下完成的量产机。

莉莉丝身体残缺且被抑制生长，灵魂和S2机关均被分离，所以是安全的。同理，亚当身体被缩小后被硬树脂封存，灵魂和S2机关亦被分离，也不具威胁。

只有光之巨人夏娃灵魂尚存，且身体与灵魂并未分离，所以威胁最大，将其枷锁并用于战斗；Eva就是所有Evangelion的原形，所以其他机体也被冠以eva，即夏娃之名。

Eva是德语中夏娃的拼法（英语Eve），同理Evangelion也是德语拼法（英语Evangelist）。

莉莉丝分身是量产机，灵魂寄存于绫波丽；亚当在碇源渡的手心，灵魂寄存于渚薰。

由于初号机是夏娃本体，而非复制品；所以碇源渡一直将其与其它两机分开处理且格外的重视，而且初号机体内还有一半碇唯的灵魂。

……

公元2004年，三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所（GEHIRUN的对外名称）地下第二实验场，亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态（同步率百分之四百）。不久之后，碇源渡将小真嗣托付给了住在远方的一位老师，父亲绝情离去的背影成为了真嗣心中的恶梦，在长大后仍不断跃出脑海；但他并不知道父亲与其背后的Seele正在从事的浩大工作。

第二次冲击后，位于日本相模湾边的箱根地区下的巨大球形空间内，成百万吨的沙土被移走，地表中装置了二十二层装甲防护，可谓是固若金汤，人类进化研究所就以此为基地，莉莉丝则被钉在了更深地层下的中央教条区中。作为人类补完计划的补助，平行实行了E计划。

从南极运来的已经失去S^2机关的‘光之巨人――夏娃’被装上了拘束装甲，成为人类未来补完的重要工具――EVA初号机，并且对其进行仿制得到了一部没有灵魂的EVA零号机。

然而没有灵魂同步的‘EVA零号机’根本无法使用，唯一的办法是提取‘莉莉丝’的灵魂物质制造了一个拥有使徒能力的克隆人，并使其听命于人类；这就是绫波丽诞生的理由。

与此同时，人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele，她试图挽救人类渡过未来的第三次冲击，于是利用初号机融合实验的机会，主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中。

源渡对碇唯此举深感震惊，但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案；他将零号机克隆人的莉莉丝灵魂物质中掺入碇唯的粒子体，甚至使其相貌也模仿碇唯，这一制造过程是通过DummySystem实现的，通过这个系统可以由一个主体克隆出无数个分身，分享同一个灵魂。于是，TheFirstChildren，零号机专属驾驶员――绫波丽诞生了。

绝对服从源渡的绫波丽，将刚刚制造完成MAGI超级电脑的赤木博士一顿臭骂后陨命，而被利用完毕的赤木博士也随之自杀身亡。另外一个被利用的人是EVA二号机的研制员，她的灵魂被二号机强行剥夺了一部分导致其精神分裂，其女明日香则被选为TheSecondChildren――建造中的二号机专属驾驶员。

对源渡来说贰号机难以控制，甚至可能是Seele安放在他身边的制衡力量，因此他试图将最重要的初号机交给自己的儿子以便控制。但将真嗣选为TheThirdChildren却必然招至Seele反对，因此源渡不得不耐心等待机会。

公元2015年6月14日下午12时30分，第三使徒出现，向人类的要塞都市――第三新东京市袭来，关东滨海区全戒严，战略自卫队机甲部队及N2雷（即lear无核武器，但威力不亚于核炸弹）攻击均宣告无效。源渡的机会终于到了，真嗣正在前来NERV的路上……